Regreso a Japón: 1973–presente
En 1973, Kusama regresó a Japón con mala salud; ahí comenzó a escribir novelas, historias cortas y poesía muy viscerales y surrealistas. Kusama se internó en el Hospital Seiwa para Enfermos Mentales y finalmente se convirtió en un residente permanente. Desde entonces, vive en el hospital por elección propia. El estudio donde continúa produciendo obras desde mediados de la década de 1970 está muy cerca del hospital en Shinjuku (Tokio). A Kusama se le cita frecuentemente diciendo: «Si no fuera por el arte, yo me habría quitado la vida hace mucho tiempo.» Ella continuó pintando, pero con pintura acrílica muy pigmentada sobre lienzo a gran escala. Kusama dijo sobre su pintura titulada «Flores (D.S.P.S.)» de 1954,
Un día estaba viendo el patrón de flores rojas de un mantel en la mesa, y cuando miré hacía arriba vi el mismo patrón cubriendo el techo, las ventanas y finalmente sobre todo el cuarto, mi cuerpo y el universo. Sentí como si me hubiera empezado a autodestruir, a dar vueltas en el infinito del tiempo y lo absoluto del espacio, mientras me reducía a una nada. Cuando me di cuenta que estaba sucediendo realmente y no sólo en mi imaginación, me asusté. Sabía que tenía que huir amenazada de ser privada de mi vida por el hechizo de las flores rojas. Subí las escaleras corriendo con desesperación. Los peldaños debajo de mí comenzaron a desmoronarse y me caí de las escaleras, torciéndome el tobillo.
El lunar tiene la forma del sol, que es símbolo de la energía del mundo y de nuestra vida, y tiene también la forma de la luna, que es la quietud. Los lunares no pueden estar solos, como sucede con la vida comunicativa de la gente, dos o tres o más lunares llevan al movimiento. Nuestra tierra es sólo un lunar entre los millones de estrellas del cosmos. Los lunares son un camino al infinito. Cuando borramos la naturaleza y nuestros cuerpos con lunares, nos integramos a la unidad de nuestro entorno. Nos volvemos parte de la eternidad.
Los puntos son sólidos e infinitos. Son una forma de vida. Sol, luna, estrellas son cientos de millones de puntos. Cada ser humano es también un punto. Los puntos no pueden existir por sí mismos, solo pueden existir cuando se reúnen unos con otros. Admiro completamente su infinitud y estoy profundamente conmovida por la grandiosa presencia del universo, que está lleno de un poder misterioso. Me siento feliz cuando realizo mis obras, cuando escribo poesía y pinto cuadros. También me siento feliz cuando contemplo el cielo azul, observo el mar abierto o conozco personas maravillosas. Agradezco el momento en el que siento que puedo aportar algo a la sociedad y puedo comprometerme con ella como artista
Sus pinturas orgánicas abstractas de uno o dos colores (las «redes Infinitas») que comenzó al llegar a Nueva York, se ganaban comparaciones con el trabajo de Jackson Pollock, Mark Rothko, y Barnett Newman. Cuando ella se fue de Nueva York, se volvió una artista olvidada hasta finales de las décadas de 1980 y 1990, cuando algunas retrospectivas revivieron el interés internacional. Seguido del éxito del pabellón japonés en el Bienal de Venecia en 1993, un cuarto brillante lleno de pequeñas esculturas de calabazas en el cual ella estuvo presente vestida con un traje de mago del mismo color que el cuarto, Kusama prosiguió a producir una gran escultura de una calabaza amarilla cubierta con un patrón óptico de lunares negros. La calabaza representaba a la artista como su alter-ego o autorretrato. La instalación de Kusama Aquí estoy, pero nada» (2000–2008) es un cuarto amoblado de manera simple con una mesa puesta, sillas, botellas, sillones y alfombras, sin embargo las paredes están tatuadas con cientos de lunares fluorescentes que brillan en la luz ultravioleta. El resultado es un espacio infinito donde el ser y todo en el cuarto es destruido. La obra de varias partes Guidepost to the New Space es una serie de protuberancias redondeados de color rojo vibrante con lunares blancos, fue expuesta en el Lago Pandanus.